Япония занимает площадь около 380 тыс. км2 и располагается более чем на 1000 островах в западной части Тихого океана. Крупнейшие из них — Большие Японские острова — Хоккайдо, Хонсю, Кюсю и Сикоку соединены мостами и тоннелями, их продолжением к югу является архипелаг Рюкю (Нансей).
Кроме них в состав Японии входят острова Бонин (Огасавара) и Волкано (Кадзан). С севера Япония омывается Охотским морем, с востока и юго-востока — Тихим океаном, с запада — Японским и Восточно-Китайским морями. Между островами Хонсю, Сикоку и Кюсю расположено Внутреннее Японское море (Сэто-Найкай), сильно загрязненное в результате интенсивной промышленной деятельности в прилегающих районах. Океан и моря причудливо расчленяют береговую линию Японии, создавая сложную систему проливов, заливов и внутренних бассейнов. Протяженность береговой линии составляет около 30 тыс. км. Изрезанность берегов способствует развитию портового хозяйства и судоходства. Моря и океан, омывающие берега страны, имеют большое значение для неё как источник биологических, минеральных и энергетических ресурсов.
Япония — горная страна: % ее территории занимают средневысотные горы. Многие горные вершины представляют собой вулканические конусы. Это относится и к самой высокой точке страны — г. Фудзи (3776 м). Низменности занимают незначительную часть поверхности Японии: вдоль побережий, небольшие участки равнинных пространств встречаются среди гор и холмистых местностей. Крупнейшая равнина Японии — Канто расположена в восточной части о. Хонсю. Ее площадь около 13 тыс. км2 или 3,5% общей площади страны. Японские острова располагаются в зоне высокой сейсмичности.
Климат Японии определяется вытянутостью страны на огромное расстояние с севера на юг — от 45 до 24° с. ш. — от умеренных до тропических широт. Климат Японии муссонный, но без резких сезонных различий. Зимой он более суров, чем в других частях земного шара на тех же широтах. Например, средняя температура января в Ниигате, расположенной на широте южной Италии, составляет 1-2°С, часто случаются морозы. А на юге Италии в январе температура не опускается ниже 8-10°С. Прохладная зима в Японии — результат её географического положения: в зимнее время из центральных районов близкорасположенной материковой части Азии на Японские острова приходит холодный воздух, понижающий температуру. Летом, напротив, над территорией страны господствуют тропические воздушные массы, насыщенные влагой, стоит жаркая душная погода. Основная масса осадков выпадает летом, а на западном побережье Хоккайдо и Хонсю — зимой в виде снега. Ни один из районов Японии не испытывает недостатка влаги. Воздействуют на климат Японии встречающиеся у её берегов течения — мощное теплое Куро-Сио и холодное — Оя — Сио. Осенью Японские острова оказываются на пути тайфунов, которые перемещаются с юго-запада на северо-восток, захватывая особенно часто их южную окраину. В целом климат страны благоприятен для жизнедеятельности людей.
Обилие осадков способствует развитию густой речной сети. Реки Японии, стекающие с гор, коротки, бурливы, порожисты, полноводны в течение года. Они непригодны для судоходства, но имеют большое значение для развития гидроэнергетического хозяйства. Запасы гидроэнергии японских рек составляют около 20 млн. кВт. Речная вода используется для орошения, водоснабжения густонаселенных промышленных районов.
Из многочисленных небольших по площади озёр выделяется живописное и глубокое (95 м) озеро Бива, образовавшееся в результате землетрясения. Каналы связывают озеро с городами Осака и Киото.
Несмотря на то, что природные ландшафты Японии испытали сильное воздействие человека, до сих пор леса занимают более 60% её территории. Япония — одна из самых
лесистых стран мира и леса составляют одно из её главных природных богатств. Несмотря на значительную лесопокрытую площадь, в расчёте на 1 жителя страны приходится около 0,2 га леса (в мире — около 0,8 га).Леса сведены на побережьях и в речных долинах, их заменила культурная растительность. Проблема дефицита лесных ресурсов в Японии решается за счёт искусственных насаждений и улучшения качественного состава леса. Характер лесов последовательно меняется с севера на юг, вслед за изменением климата. На Хоккайдо распространены елово-пихтовые леса с подлеском из бамбука. На юге Хоккайдо и севере Хонсю преобладают широколиственные леса. Леса эти густы, богаты видами (дуб, бук, клён, ясень маньчжурский, кипарис, криптомерия, различные сосны), оплетены лианами (плющ, дикий виноград). К югу от 38° с. ш. на Хонсю появляются субтропические леса, в которых произрастают вечнозеленые дубы, камфорные деревья, магнолии, азалии, бамбуки; встречаются и тропические виды — саговая пальма, бананы.
Природные условия в пределах небольшого по площади государства отличаются разнообразием, создавая относительно благоприятные естественные предпосылки для развития японской экономики. А вот собственные запасы полезных ископаемых не играют существенной роли в хозяйстве, так как Японские острова не богаты ими. К тому же большая часть полезных ископаемых сосредоточена в мелких месторождениях. К числу значительных относятся ресурсы самородной серы, каменного угля, пирита, разнообразных глин, известняков, мраморов и другого строительного сырья; разрабатываются месторождения нефти, железных, медных, урановых руд. Решение сырьевой проблемы в Японии отчасти может быть связано с освоением ресурсов океана. С 1977 г. в стране осуществляются программы изучения и освоения минеральных ресурсов континентального шельфа, с 1981 г. ведутся исследования по разработке технологии промышленной добычи железомарганцевых конкреций с глубины 4000-6000 метров. Ныне в Японии добывают «морские» уголь, железные и урановые руды.
Вблизи Японских островов находится одна из наиболее продуктивных зон Тихого океана: здесь водится около 400 видов промысловых рыб (северные — сельдь, треска, минтай, камбала и южные — скумбрия, сайра, тунец), киты, тюлени, морские котики, моллюски, водоросли. Добывая ежегодно около 12 млн. тонн рыбы, Япония уже с 50-х гг. занимает первое место в мире по размерам улова. Часть морской продукции дают хозяйства марикультуры: разводят устриц, камчатского краба, лангустов, креветок, водоросли. На южном побережье Хонсю развит промысел жемчуга.
К ресурсам, ценимым в Японии очень высоко, относятся земельные. Около % поверхности страны имеют уклоны более 15°, из-за чего хозяйственное использование многих территорий затруднено. Проблему нехватки площадей для развития пытаются решать за счёт засыпки мелководий и создания искусственных островов, но стоимость такой рукотворной земли остается высокой.